| No | フラグメントスキル | 説明 | 設定 | 条件 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | グランドクロス | エンディング後の隠し要素を開放 | 歴史の可能性に挑戦 OFF | パラドクススコープを入手 |
| 2 | モーグリキャッチャー | M投げで隠しアイテムが入手可能 | モーグリ投げレベルアップ OFF | 時の星砂を入手 |
| 3 | インフレーション | アイテムを1.1倍価格で売れる | ショップ買取額アップ OFF | ミュータントマトの種子を入手 |
| 4 | モグクイック | M投げが速度アップ | モーグリスピードアップ OFF | ヲルバ郷のフラグメントを全て入手 |
| 5 | デフレーション | アイテムを25%引きで買える | ショップ割引額アップ OFF | |
| 6 | チョコボミュージック | チョコボに乗った時の曲を選べる | デフォルトデチョコボ コクーンdeチョコボ パルスdeチョコボ クレイジーチョコボ チョコボレース | ヨミの種子を入手 |
| 7 | 反動力ジャンプ | ジャンプ中に×ボタンを押すとゆっくり落下 | ジャンプ能力アップ OFF | |
| 8 | フィールドキル | マップに出現した敵に攻撃すると消せる | フィールドで敵を瞬殺 OFF | 学位：モンスター博士を入手 |
| 9 | モンスターコレクター | モンスタークリスタルの入手率アップ | モンスタークリスタル入手率アップ OFF | ヴァイルピークスのフラグメントを全て入手 |
| 10 | エンカウントマスター | エンカウント率をアップorダウン | エンカウント率アップ OFF エンカウント率ダウン | ビルジ遺跡のフラグメントを全て入手 |
| 11 | バトルマニア | レアエネミーとのエンカウント率アップ | 強敵遭遇率アップ OFF | 学位：パラドクス博士を入手 |
| 12 | いつでもグロウエッグ | バトル勝利時のCPが2倍にアップ | CP入手アップ OFF | ビルジ遺跡とヤシャス山のフラグメントを全て入手 |
| 13 | 女神の視点 | イベント中にカメラを少し幅だけ動かせる | イベントシーンでカメラ操作 OFF | |
| 14 | クロックマスター | ゲーム全体の速度をアップorダウン | ハイスピード デフォルト スロウスピード | フラグメントを全て入手 |